Лаборатория под этим названием была создана в середине 1995 г., когда 10 сотрудников лаборатории «Геодинамика фанерозоя» были объеденены академиком РАН А.Л. Книппером для решения проблем генезиза и эволюции офиолитов. Ранняя предистория этого коллектива относится к началу 80-х годов, когда все сотрудники лаборатории «Геодинамики фанерозоя», руководимой А.А. Моссаковским, входили в состав крупнейшей лаборатории Тектонического сектора института – «Тектоника и магматизм». Эту лабораторию долгие годы возглавлял Н.А. Штрейс и именно по его инициативе в 1962 году в ГИНе началось изучение офиолитов.
Первоначально исследования были сосредоточены на Малом Кавказе и на Кубе. В 1969-1970 гг академик А.В. Пейве придал новый мощный импульс изучению проблем, связанных с офиолитами. Многие виднейшие сотрудники Геологического института проводят экспедиционные исследования на Большом и Малом Кавказе, на Урале, в Казахстане, Тяньшане, Чукотке, Кубе, в Монголии и Сирии. Это было время –1970-1990 гг., когда под влиянием плейт-тектонических идей, коллектив тектонистов ГИНа, руководимый А.В. Пейве, разрабатывал мобилистические модели формирования литосферы континентов и океанов. Активно развивалась идея о том, что офиолитовые комплексы современных внутриконтинентальных и окраинно-континентальных областей представляют собой реликты литосферы палеоокеанов.
Доказательство справедливости этой концепции потребовало детального исследования строения, состава и возраста пород офиолитовой ассоциации, всестороннего сопоставления их с породами дна современного океана. В связи с такой постановкой проблемы в ГИНе началось изучение строения океанического ложа и были проведены многочисленные экспедиции в Тихом и Атлантическом океанах. Основные задачи созданной лаборатории состояли в восстановлении истории формирования и происхождения пород офиолитовой последовательности в фанерозойских и рифейских областях Земли: от стадии формирования этой последовательности в центрах спрединга до стадии коллизиии окенических и континентальных структур.